地面水常常受到土壤、工业废水处理、生活污水处理及各种杂质的污染,促使细菌滋生,有时每毫升水中细菌数可达几万乃至几十万个;在有的水域里,大肠杆菌甚至达数万个以上。虽然在水处理系统的过程中,经过混凝、沉淀(或澄清)、过滤等的净化过程,粘附在悬浮物上的大部分细菌、大肠杆菌、病原菌和其他一些微生物也一同被除去。但是,并不彻底,还存在一定量的对人体有毒害的微生物。为了保障人民的健康,防止疾病的传播,还必须进行水的消毒,以杀灭水中的病毒。我国“生活饮用水水质标准”中规定,在水样中细菌总数不超过100个/ML。总大肠菌群或粪大肠菌群每100mL一水样中均不得检出。为此,在混凝澄清过滤之后还需进行消毒。在工业冷却水处理中,为了防止循环水处理产生生物黏泥,要控制循环水中的异养菌数不超过1X 10^5个/mL,因此,对于作为循环水系统补充水的过滤水,亦需要进行消毒杀菌处理。在除盐水处理系统,为了防止离子交换树脂受到细菌的污染,也需要对其原水进行消毒杀菌。此外,消毒还可以除去水的色度。